Tras la muerte del gobernador de Chile Pedro de Valdivia en 1553 a manos de Lautaro y sus guerreros en la Batalla de Tucapel, actual Cañete, los españoles reorganizaron sus fuerzas, reforzando Imperial para la defensa y abandonando Confines y Arauco para reforzar Concepción, además envió un nuevo ejército al mando de Francisco de Villagra para someter a la población mapuche. Las tropas conformadas por 270 españoles y 2 mil yanaconas salieron de Concepción cruzando el río Biobío, confiados en que sus fuerzas lograrían vencer fácilmente al enemigo y acamparon en la zona de Colcura. Por su parte, Lautaro había logrado conformar un ejército de alrededor de 8 mil hombres, que les esperaban al sur del río Chivilingo.
La mañana del 23 de febrero de 1554, Villagra retomó su camino al sur por los altos de Marihueñu para atravesar la cordillera de Nahuelbuta, dejando un destacamento para proteger unas balsas. Cuando las huestes partieron, Lautaro envió una fuerza de 500 guerreros a atacarlas por sorpresa, impidiendo así la posibilidad de escape. Lo espeso de la vegetación nativa del Biobío dificultaba el avance de los españoles, que al llegar a la cima del cerro que actualmente se conoce como Cerro de Villagrán, fueron atacados por los guerreros mapuches.
La batalla que había comenzado a eso de las 8 de la mañana, ya para el mediodía estaba casi ganada por los mapuches. Con el mismísimo gobernador de Chile prisionero, los españoles rápidamente intentaron rescatarlo, empresa que lograron a costa de numerosas bajas y con un Villagra aturdido por la golpiza que había recibido, que le dejaron su armadura totalmente abollada.
A las 4 de la tarde, cuando los mapuches mataron a los operadores de los cañones de artillería, Villagra dio por perdida la batalla y ordenó la retirada a través de un punto que lograron abrir en medio del cerco de los indígenas que lograron capturar 88 soldados españoles como prisioneros. Apenas lograron escapar 66 soldados y unos cientos de yanaconas, en una derrota aplastante que sufrieron.
Ante el pánico en la población tras el retorno de los sobrevivientes a Concepción, sus habitantes abandonaron rápidamente la ciudad temiendo una arremetida de los mapuches que de hecho ocurrió, destruyendo Concepción por completo.