Nació en el año 1811, en la región del río Llaima, actual Chile; aunque se consideraba argentino, decía haber nacido en la zona cordillerana del oeste neuquino, posiblemente en Pulmarí.

Tercer hijo de Juan Calfucurá, fundador de la dinastía de los Piedras (Curá), y de la india Juana Pithrén. Su infancia transcurrió en la región del Río Llaima, en los faldeos de la Cordillera de los Andes.

Llega a la llanura pampeana hacia 1830 junto a su padre formando parte del grupo del cacique Martín Toriano. En 1834 se radicó en Salinas Grandes oficiando de lugarteniente de Calfucurá.

Participó en diversos enfrentamientos con las tropas del gobierno argentino; dirigió varios malones en la provincia de Buenos Aires. Cumplió funciones de embajador ante el gobernador Juan Manuel de Rosas hasta su derrota en la Batalla de Caseros (3 de febrero de 1852) en manos de Justo José de Urquiza quien ofrecería a los caciques principales no atacarlos siempre que mantuvieran la paz. Calfucurá aceptó los términos y envió a Namuncurá a Paraná -capital de la Confederación Argentina-, allí juraría la Constitución Argentina, siendo bautizado con el nombre de Manuel, con el padrinazgo del propio Urquiza.

En la Batalla de San Carlos (8 de marzo de 1872) que significaría la derrota de Calfucurá, comandó las divisiones aliadas de Neuquén y Chile.

A la muerte de Calfucurá (3 de Junio de 1873), su sucesión fue una disputa entre Manuel y sus hermanos José Millaqueucurá, Bernardo Namuncurá y Alvarito Reumaycurá. Ante una inminente guerra civil, los ancianos declararon incapaz a Millaqueucurá para ejercer el cacicazgo y designaron un triunvirato constituido por Manuel, Bernardo Namuncurá y Alvarito. Para 1875 Manuel Namuncurá había desplazado a sus hermanos del poder.

Al frente del cacicazgo salinero, fomentó la paz con el gobierno nacional a la vez que organizó malones invocando el incumplimiento de los tratados, el más importante es conocido como el “Malón Grande”, una campaña realizada a finales de 1875 por guerreros de Namuncurá, lanzas trasandinas, ranqueles, indios de Pincén y de Catriel. Un total de 3500 lanzas asolaron los partidos de Azul, Tandil, Olavarría, Juárez, Tapalqué, Tres Arroyos y Alvear. Solamente en Azul dejaron 400 muertos, según crónicas de esa época. Se llevaron 500 cautivos y un total de 300 000 reses.

Quince kilómetros al norte de la estación ferroviaria de Paragüil se halla un monolito que recuerda el sitio en donde se libró el combate.Clck sobre área sombreada para ver la placa.

La coalición nativa fue vencida el 6 de marzo de 1876 en la Batalla de Paragüil en el paraje de la laguna que comparten los Partidos de Laprida y General La Madrid.

Hacia 1878 su indiscutible liderazgo comienza a declinar, a consecuencia de las expediciones del coronel Nicolás Levalle sobre los toldos de Salinas Grandes Lo desalojó de Chilihué en enero de 1878, en el mes de noviembre del mismo año, avanzó en su búsqueda hasta Lihuel Calel, donde Namuncurá se había asentado y forzó su fuga hacia los contrafuertes cordilleranos.

Ante la constante presión del avance militar, envió parlamentarios para gestionar la paz con el gobierno nacional. Hasta que con parte de su familia capturada decide entregarse el 21 de marzo de 1884. El coronel Belisle cuenta de su presentación en el Fortín Paso de los Andes: se sometió a las fuerzas nacionales presentes en el sitio “obedeciendo al llamado de la civilización” … “con nueve capitanejos, ciento treinta y siete indios de lanza y ciento ochenta y cinco de chusma”… “Es un hombre que tendrá cincuenta años más o menos, bien conservado, de cara abierta y despejada que inspira mucha simpatía” … “Todos los indios lo adoran y se puede considerar entre ellos como un verdadero monarca”.

Luego de un breve paso por Fuerte Roca y Carmen de Patagones, Namuncurá fue llevado al puerto de Bahía Blanca por el padre salesiano Domingo Melanesio. Desde allí se embarcó en el vapor “Pomona” con destino a Buenos Aires, con la intención de reunirse con las autoridades, ratificar su rendición y gestionar tierras para su tribu.

La tarde del 26 de junio de 1884 se reunió con el presidente Julio Argentino Roca. El cacique, relataron los cronistas, llegó muy puntual a la cita. Acompañado de sus hermanos y luego de reunirse primero con el ministro de Guerra, Benjamín Victorica, fue conducido al despacho del presidente.

Por su alta investidura, Roca dio expresas instrucciones de respetar su vida, nombrarlo “Coronel de la Nación” y asignarle un sueldo mensual con cargo al erario público.

Se estableció en Chimpay, provincia de Río Negro, en diciembre de 1888 recibió la a visita del padre Melanesio, quien en esa ocasión bautizó a su hijo Ceferino Namuncurá -fruto del la relación con la cautiva chilena Rosario Burgos-, estrechando así relaciones con los salesianos a quienes le encargarían su educación. Ceferino fue llevado al Vaticano, donde murió y posteriormente la Iglesia Católica decidió beatificarlo.

Namuncurá repitió visitas a Buenos Aires en 1886,1894 y 1897. Alcanzó finalmente del Gobierno el otorgamiento de los campos en San Ignacio, en la confluencia del arroyo San Ignacio con el río Aluminé (Neuquén).

Falleció en San Ignacio el 31 de Julio de 1908, a los 97 años de edad. Fue enterrado en el cementerio de la colonia. Hoy se desconoce la ubicación del cuerpo.